Sull'origine del Rugby Subacqueo ci sono "leggende" un po' bizzarre, come quella che attribuisce la nascita dello sport ad una bizzarra attività ricreativa praticata con delle noci di cocco da alcune unità della marina francese quando le loro navi erano attraccate nel lontano Kenya .

In realtà, molto più realisticamente, il RS deve le sue origini alla necessità dei club di immersioni marine di mantenere il rapporto con l'ambiente acquatico durante il freddo inverno. Fu infatti a Colonia, in Germania, che, nel non tanto lontano 1961 (soprattutto se paragonato con sport di più antiche origini), un certo Ludwig von Bersuda ebbe l'idea di riempire con acqua salata una palla da pallanuoto e di portarla in profondità. All'idea della palla piena d'acqua, si aggiunse poi quella di portare in profondità due canestri ed una rete (del tipo di quella da pallavolo) che dividesse in due il campo di gioco. Lo scopo era quello di oltrepassare la rete (il cui bordo superiore era situato ad una distanza di un metro sotto la superficie dell'acqua) e di introdurre la palla nel canestro della squadra avversaria. Una prima, rudimentale, versione del RS era dunque nata.
Inizialmente questo prototipo di RS venne utilizzato esclusivamente come riscaldamento all'inizio di ogni allenamento della squadra di Ludwig, ma poi l'idea piacque anche ad altri club di immersioni e cominciò a diffondersi anche in altre città. Nel 1963, ovviamente a Colonia, si disputò quella che forse può essere ritenuta la prima partita di uno sport subacqueo che prevedesse l'uso di una palla.

Fu tuttavia solo dopo un po' di tempo, grazie all'impegno dei primi entusiasti pionieri di questo sport, tra cui non può essere dimenticato Franz Josef Grimmeisen, che il RS cominciò ad acquisire l'aspetto "moderno": scomparve la rete a metà campo ma rimasero i canestri. Nel 1964 si disputò dunque la prima partita "vera", tra le formazioni del DLRG Muellheim e del DUC Duisburg. Per la cronaca vinse la prima per 5-2.
Nel 1965 si disputò poi il primo torneo a cui presero parte la squadra padrona di casa (DLRG Muellheim) ed altre cinque formazioni: DUC Bochum, DUC Duesseldorf, DUC Duisburg, DUC Essen e TSC Delphin Leudenscheid. Le regole prevedevano squadre composte da 8 giocatori e, alla fine del torneo, si impose Muellheim contro Duisburg. Questo torneo si è disputato ogni anno a partire da allora e dunque, a buon titolo, può essere considerata la più antica manifestazione di RS della storia.
Per esportare il gioco all'estero Grimmesein, che continuava ad essere il più impegnato in questo obiettivo, cercò di coinvolgere i membri più importanti della CMAS, organizzando dimostrazioni e informando gli organi di stampa (un articolo venne pubblicato dal quotidiano francese L'Equipe il 9 aprile 1965).
In Scandinavia il RS riuscì ben presto a diffondersi: le dimostrazioni organizzate in Danimarca nel 1973 ed in Finlandia nel 1975 mossero ben presto interesse. Lo stesso purtroppo non avvenne a seguito di tornei organizzati in Belgio nel 1973 ed in Austria nel 1979. Nei paesi dell'est Europa si ottennero risultati solo in Cecoslovacchia (il torneo di Praga, organizzato per la prima volta nel 1975, è stato finora dispotato tutti gli anni, con la sola eccezione del 1979). Altri avvenimenti furono organizzati in Polonia e nella Germania Orientale, con scarso successo.

La Federazione Tedesca riconobbe il RS fin dal 1972, organizzando fin da subito il primo Campionato Nazionale (l'anno precedente si tenne la prima edizione, non ufficiale), vinto da Muellheim.
La CMAS riconobbe invece il RS solo nel 1978. Il primo Campionato Europeo venne disputato a Malmoe in Svezia nell'aprile del 1978, mentre la prima edizione del Campionato Mondiale fu disputata a Muellheim nel Maggio del 1980.

Attualmente la maggiore parte dell'attività è concentrata in Germania, Svezia, Finlandia, Danimarca, Norvegia, Repubblica Ceca, Austria, Turchia, Svizzera, Colombia, Stati Uniti.

E poi c'è l'Italia, ma questa è un'altra storia...